三維成像根系分析儀利用高質量RGB圖形掃描儀及高光譜成像系統，獲取高分辨率植物根系可見光圖像及高分辨率光譜數據，然后通過分析軟件對根系形態結構、光譜特征、生化組成等進行分析。掃描儀在掃描面板下方和上蓋中安裝有專門的雙光源照明系統，并且在掃面板上預留了雙光源校準區域。掃描時，掃面板下的光源和上蓋板中的光源同時掃過高透明度根盤中的根系樣品，這樣可以避免根系掃描時容易產生的陰影和不均勻等現象的影響，有效地保證了獲取的圖像質量。